A escola D. Fernando II começou a funcionar em 1968, num antigo edifício inaugurado em 1924, o então Casino de Sintra, atual edifício do MUSA (Museu de Arte Moderna de Sintra) com turmas de 5º e de 6º anos, mudando-se em 1983 para as atuais instalações. Em 1988 começou a receber alunos do 7º ano, em 1991 alargou-se ao 8º ano de escolaridade e, em 1992, generalizou-se o 3º ciclo, passando a haver também turmas do 9º ano.

Face ao aumento da população escolar, em 1991 foi construído um pavilhão com onze salas (vulgo pavilhão novo) e, em 2007, foi montado um pavilhão provisório com duas salas pré-fabricadas destinadas a acolher prioritariamente turmas do ensino secundário.

Atualmente, num amplo espaço verde arborizado onde se destaca um trilho ecológico, a escola é constituída por dois edifícios de dois andares cada, um pavilhão gimnodesportivo (construído em 2002), dois campos de jogos, balneários, uma sala/bar de alunos (construída em 2005) e as referidas salas pré-fabricadas. 

D. Fernando II - patrono da escola.
Fernando de Saxe Coburgo-Gotha nasceu em Viena de Áustria a 29 de outubro de 1816. Em 1836 casou com D. Maria II. O nascimento do décimo primeiro filho, em 1853, custou a vida à rainha. Após a sua morte, por menoridade do príncipe herdeiro, D. Fernando ficou como regente do reino durante dois anos. Com a subida de D. Pedro V ao trono, D. Fernando "desapareceu" da vida política e dedicou-se exclusivamente às artes, a sua grande paixão. Em 1869 casou com a cantora suíça Elise Hensler, a quem foi dado o título de Condessa de Edla. Vítima de uma hemorragia provocada por uma queda, D. Fernando II faleceu a 15 de dezembro de 1885, no Paço das Necessidades.

Como reconhecimento pelo excelente legado cultural de D. Fernando II, o “Rei-artista”, a Sintra, a escola adotou-o como patrono. Atualmente, e como símbolo de identidade, o Dia da Escola comemora-se em 29 de outubro, dia do nascimento de D. Fernando II.